阿拉木图位于现在的哈萨克斯坦东南部边境，最早有人类定居的时间可追溯至公元前1000年。它在早期只是一个农场和一些部落牧民，直到中世纪成为丝绸之路中的一环之后，阿拉木图才开始逐渐兴旺起来成为一座城市。阿拉木图在随后的三个世纪中作为农业和手工业中心而繁荣发展，但到13世纪时，城市的绝大部分为蒙古铁骑所毁。到了15世纪，阿拉木图及其周边地区开始逐渐衰败。

直到1854年晚些时候，阿拉木图开始复兴，在现在这个位置逐步建立起如今的城市。其时俄罗斯帝国在旧城遗址处建立了扎利斯柯伊堡，后来将其改名为维尔尼堡。一年后，士兵们开始允许农民和商人进入该地区，从而形成了维尔尼镇，这里成为了新建立的突厥萨米雷奇省的行政中心。只用了短短三十年，这个新的阿拉木图再次繁荣起来，直到1887年整个城市在不到12分钟内毁于一场可怕的大地震。

20世纪初，旧时阿拉木图所在的小镇改名为阿尔马-阿塔。随着土耳其至西伯利亚铁路的建设，这座城市初步恢复了一些昔年作为贸易重镇的重要性。1936年，抱着重振城市，使之成为一个文化麦加的想法，哈萨克斯坦首府迁往阿尔马-阿塔。1993年阿尔马-阿塔再次更名为阿拉木图（意指该地区成片的苹果树林）。

1997年政府迁都阿斯塔纳——一个较少遭受自然灾害的城市。尽管这降低了阿拉木图在政治上的重要性，同时它仍然经常要面临灾害性泥石流的威胁，但阿拉木图仍然再次崛起，成为一个文化，金融和工业中心。