根据毛利人的传说，哈威奇部落的酋长库佩曾于约公元925年乘独木舟抵达美丽的新西兰北岛，并在沿途战胜了无数海怪和妖魔。无论这个传说中有多少历史事实，以伦敦为总部的“新西兰公司”派出的一支探险队于1839年9月来到此岛并在哈特河口的滩涂上建立了一处据点。第二年，“曙光”号帆船又从英国运来150名移民。由于当初的选址被证明过于潮湿、易遭水源，这批新来者将他们的定居点改到了海湾的对岸，公司的首脑将新城镇命名为“惠灵顿”（最初的登陆地在今佩通镇）。1865年，惠灵顿被确定为新西兰殖民地的首府，取代了从1841起作为原政府所在地的奥克兰。殖民当局认为该城拥有优良的海港，而且地处整个新西兰的中心，因此更适合作为首府。

惠灵顿位于库克海峡北岸海湾西南端的丘陵地带。皇家海军詹姆斯·库克船长在寻找传闻中的南方大陆的首次远航途中于1770年到达新西兰群岛。他环绕群岛航行一圈以测绘全部海岸，并特别提到其中的一处天然避风港，也就是日后新西兰公司建立惠灵顿城的地方。在很长一段时间中这个面积达27平方英里的港湾被称为尼科尔森港。在成为首府之后，惠灵顿港迅速成为群岛最重要的港口，同时满足了英国海军和商业航运的需要。如今这里是该地区最大的集装箱港口，市郊的海景区还建有一处巨型油轮码头。1895年时联合汽船公司开通了从此港出发的定期航线，在之后超过一个世纪的时间里，惠灵顿都是连接新西兰各岛和海外目的地的最主要客运枢纽。