波哥大悠久而深厚的文化遗产令其被美称为“南美洲的雅典”，市内分布着众多的大学、博物馆和图书馆。该城的建立者是西班牙人冈萨罗·希梅内斯·德·克萨达，他于1536年率领一支500人的远征队深入马格达莱纳河流域寻找传说中的黄金国。他们与当地的穆伊斯卡人发生冲突，洗劫了扎克·奎姆恩查托查和索加莫索等处的神庙，掠取了大量宝石和黄金。但到1537年3月时远征队只剩下70个人，于是克萨达决定停下来修建一个前进基地，这个定居点选址于安第斯山脉北部靠近大河（后来命名为波哥大河）的一处高原。到1553年，城市的中央广场建成，并启动了教堂和市政厅建造项目。后来该城被定为新格兰纳达殖民地的首府，并作为总督驻地直到1819年哥伦比亚在西蒙·波利瓦尔领导下赢得独立。独立后的波哥大一直被作为首都，最初的“大哥伦比亚”（至1830年），后来的“新格兰纳达共和国”（至1863年），再后来的“哥伦比亚合众国”（至1886年），最后是延续至今的哥伦比亚共和国。

虽然政治风云变幻不定，但是波哥大作为这个国家的教育和文化中心一直保持兴盛。1823年，该城的公共图书馆进行了扩建和现代化改造，升级为国家图书馆。数年之后，国家博物馆也建立起来。首座“国立学院”——即哥伦比亚国立大学的前身——于1867年成立。地理环境导致的孤立状态使这座城市成为寻求标新立异、努力突破南美洲西班牙语文学传统的作家和诗人心目中的“圣城麦加”，从19世纪中叶到20世纪中叶先后产生了何塞·亚松森·席尔瓦和拉法耶·庞博等多位大文学家。尽管不时面临政治纷争和内战威胁，波哥大仍深受艺术家们的亲睐。1886年在此成立了国立美术学院。波哥大在2007年被联合国教科文组织命名为“世界图书之都”，这是西半球第二个获此殊荣的城市（第一个是加拿大的蒙特利尔），表明其作为世界重要文化中心城市的地位正式获得了国际认可。