用于对敌方进行核打击。能够对城市造成严重破坏并摧毁爆炸范围内的所有单位。可用航空母舰运载。

需要曼哈顿工程和铀资源。

原子弹是极其强大的单位。原子弹可以停放到本方城市或者航空母舰上。原子弹能在基地之间互相转移，也能攻击10个区块之内的目标。原子弹引爆时会杀伤甚至摧毁距离2个区块内的单位，并对城市造成严重破坏。完成攻击后原子弹会被消耗掉。参见核武器条目以了解更多细节。

携带最早的原子弹的轰炸机就是普通的重型轰炸机，1945年8月6日向广岛投放第一颗原子弹的“艾诺拉·盖伊”号和三天后向长崎投放第二颗原子弹的“博克斯卡”号都是美国的B-29轰炸机。在二战之后，各大核武强国都开发了专用的“战略轰炸机”以携带核武器深入敌方的领土进行投放。这些战略轰炸机航程极远，升限极高，装备复杂的电子干扰和反导系统。最先进的战略轰炸机还使用了隐形技术，使其在目标上空投下致命载荷之前更不容易被敌方摧毁。