由18307个岛屿组成的印度尼西亚群岛的历史实际上是数百个城邦、小王国和间或出现的帝国的历史。记载在印度史诗《罗摩衍那》中的“洲间之地”，据信是这里最早出现的国家，大约形成于公元前200年。13世纪时最后一个印度教帝国满者伯夷（或译作麻喏巴歇）统一了群岛的大部分地区。此后，几个主要的岛屿被穆斯林苏丹们统治着，直到欧洲探险家和商人们的到来。印尼在欧洲以“香料群岛”闻名，正好处于远东和西方的商路上，因此，葡萄牙、西班牙、英国和荷兰为了岛链的控制权你争我夺，最后由荷兰东印度公司胜出。二战后，印尼为了独立而与荷兰进行了四年的武装斗争，又经历了数次动荡不安的局面，才进入了现今较为平稳发展的阶段。尽管如此，由于宗教和政治异见引发的暴乱还时有发生。印尼的口号“多元而一统”也反映在这个国家冲突交融的历史造成的种族、宗教、文化和语言的多元化之中。

印尼是南亚最大的国家，由18000多个沿着赤道散落在印度洋和太平洋中间的岛屿组成。根据印尼政府2002年的文件，有8844个岛屿已被命名，其中922个有人长期居。岛链横亘约3200英里，相当于赤道周长的八分之一。其中主要的岛屿腹地都有茂密的森林覆盖的山脉和冲刷出的山间湿地，而沿海岸线则分布着丛林。较小的岛屿中则既有被丛林覆盖的火山岛，也有荒芜的沙地小岛。印尼群岛正好位于三个板块的交界处，因此一直经历着火山喷发和大地震的考验。由于地理位置的原因，印尼属于热带气候，受季风影响有两个鲜明的季节。印尼低海拔地区年平均降雨量在70～125英寸之间，在山区则达到了240英寸。印尼的气温变化很小，首都全年的气温都在华氏79～86度之间。这些主要的岛屿虽然土地极为丰饶，又有环绕四周的沿海浅滩，却要遭受经常性的台风和阵风。

1891年，荷兰学者发现了后来被广为熟知的“爪哇猿人”的直立人骨骼化石。爪哇人可能是人类的祖先，可以追溯到约70万年以前。印尼群岛形成于最后一次冰川期以后的冰川消融，大约在4万5千年前，智人进入了这块区域。理想的气候条件和水稻种植技术的提高，最早的人类定居点出现在约公元前800年，在公元前的200年间，出现了最早的国家的雏形，虽然这些王国仅仅比由于共同族群和语言而形成的村落联盟更先进一些。

印度最早的史诗《罗摩衍那》中提及了印尼最早的王国“洲间之地”（Dvipantara），书中写道猴王须羯哩婆向那里派遣军队以寻找罗摩的妻子悉多。根据史诗中描述，“洲间之地”位于爪哇或苏门答腊。考古证据显示最早的王国出现在爪哇西部，那里发现一座可追溯到公元前1世纪左右的印度教象头神的雕塑。大约在同一时代，罗马历史学家老普林尼记录了印尼商船沿着非洲东海岸进行贸易活动。2世纪的学者托勒密在他的著作《地理学指南》中吸取了一些印度文献对印尼群岛的描述。

此后的几个世纪里，有许多印度教和佛教王国相聚盛衰。850年，马打兰王国统治了爪哇，并一度挑战强盛的三佛齐帝国的霸权。现存散落的梵语文献中对马打兰的记载很少，为人所知的仅有珊查亚在约730年建立了马打兰，990年，当时的国王达玛旺沙的舰队入侵了三佛齐在苏门答腊的领土。1006年，达玛旺沙在三佛齐的报复行动中丧生，马打兰也随之亡国。

三佛齐是一个马来人王国，中心位于现在苏门答腊的巨港。三佛齐以海立国，有发达的海上贸易和强大的海军。以现在的眼光来看，三佛齐并没有一个集权的中央政府，而是一个王室领地和许多殖民地及附庸国组成的松散联盟。到公元7世纪，三佛齐通过香料贸易控制了苏门答腊、爪哇和马来半岛大部分沿海地带，以及巽他和马六甲海峡。尽管它的海上霸权只维持到11世纪，但直到14世纪，他还是一个海上强国。逐渐的，一些地区开始独立成为了区域性的小王国。三佛齐最后一任国王改信伊斯兰教，并在1389年满者伯夷的入侵时逃亡，直到1402年在柏淡河口建立了满剌加苏丹国。

在爪哇的三佛齐的废墟上，信诃沙里和满者伯夷开始了兴盛。信诃沙里的历史开始于1182年，建立者可能是传说中的庚阿洛。1280年信诃沙里已经扫除了三佛齐的残余势力，但是却被忽必烈注意到了。忽必烈派遣使者向克塔纳伽拉国王要求臣服和进贡；被拒绝后，他又在1281年和1289年两次派遣使团提出相同的要求，这回他的大使更是被国王下令砍死了。忽必烈恼羞成怒，派遣了一支拥有1000艘战舰的舰队入侵信诃沙里，许多附庸国趁机纷纷反叛。在此后的一片混乱中，克塔纳伽拉国王身亡，信诃沙里也土崩瓦解，但是蒙古人也被驱逐出去，印尼也因此成为为数不多的成功抵抗蒙古人的地方。克塔纳伽拉的女婿罗登韦查耶在1293年建立了满者伯夷。

尽管缺乏文字记载，满者伯夷仍然被认为是伊斯兰时代前最强大的王国。在两代帝王以后，雄心勃勃的首相加查·玛达在其使失宠垮台之前将王国的统治扩展到了群岛的绝大多数地方。继任的帝王们继承了加达·玛达的事业，最终统合了现今印尼的国土。尽管满者伯夷的统治者们征服了周边的政权和广袤的国土，他们更关注于控制这块区域丰硕且不断增长的商业贸易，因此不可避免地吸引了穆斯林商人和传教士的到来。满者伯夷在14世纪开始盛极而衰，开始无法抑制满剌加苏丹国的崛起，并最终在1520年左右灭亡。

尽管伊斯兰教在从13世纪才从苏门答腊开始开始在印尼传播，但是它在满者伯夷国王们的宗教宽容政策下不多时便席卷了整个群岛。受益于日渐繁荣的贸易，商人和满者伯夷的诸侯贵族们成为了最早的信徒。到了16世纪，伊斯兰教已成为了苏门答腊和爪哇岛的普遍信仰。它与本土的文化和宗教融合，形成了印尼独有的伊斯兰文化。只有巴厘和一些较小的岛屿还是印度教占主流。

在欧洲人到来之前，除了强大的满剌加之外，还有两个绵延许久的伊斯兰国家：爪哇岛上的马打蓝苏丹国和控制了巽他海峡的万丹苏丹国。在它们存在的大部分岁月里，苏丹们通过丝绸和香料贸易赚得盆满钵满，并得以发展科技、文化艺术和训练有素的海军力量。但是当来自葡萄牙和其他国家，冷酷无情且又拥有更先进科技的探险家们到来时，这些伊斯兰国家马上就土崩瓦解了。

1511年八月，满剌加首先陷落于葡萄牙人阿方索-德-阿尔布克尔克之手。1603年，荷兰东印度公司在万丹建立了在印尼的第一个永久贸易据点；经过两个世纪的冲突和干涉，东印度公司总督在西冷的总部宣称万丹苏丹成为了公司股东。期间，在1749年，荷兰人又趁马打蓝内乱，逼迫老病的苏丹巴固甫握诺签署了条约，将马打蓝的治权收入囊中。在葡萄牙将马六甲拱手相让之后，荷兰人拥有了整个“香料群岛”。

1800年荷兰东印度公司因为破产解散以后，荷兰政府接管了印尼的统治。在接下去150年的大部分时间里，荷兰的统治相对比较宽松而又乏善可陈。然而，强制农民种植经济作物，要求每年在国有种植园工作60天的政策，导致了广泛的动荡。更有甚者，荷兰殖民者形成了一个特权阶级，并公然在法律中把市民分为欧洲人和土著两个拥有不等权利的阶级。终于在1901年，持续的动荡让荷兰人不得不修改政策：增加对本地的教育投资以及修改法律。荷兰人为了改善当地经济，平息民族主义活动，增加了基础设施——尤其是港口和道路的建设，但这些行动仅仅只是扬汤止沸。

1942年，荷兰的统治止于日本进占。二战让过去四十年间萌芽的民族主义开始生长。早在1908年，第一个民族运动社团“至善社”便已成立。1912年成立了印尼第一个政党伊斯兰联盟。紧接着便是印尼社会民主联盟，1924年改称印尼共产党。最后，在1927年7月，后来成为印尼总统的苏加诺和其他追求国家独立的人士成立了印尼民族党。在一次共产党领导的起义失败后，苏加诺和其他的独立运动领导人都被逮捕了。

1942年7月，苏加诺应日本邀请为日本开动战争机器造势。尽管日本的残酷统治经常伴随着酷刑和逼迫，但是许多民族独立者仍然选择与日本政府合作，因为他们相信日本政府会践行帮助他们实现民主独立的承诺。1945年3月，日本正面临着战争的失败，他们宣布成立一个委员会来进行印尼独立事务。但是随着日本战败，事情被耽搁了。在日本向盟军投降两天以后，苏加诺单方面宣布印尼独立。荷兰人尾随英国再次进入印尼，企图重新建立殖民地。但是他们面对的是印尼激烈的武装和外交斗争，最终在国际压力下承认了印尼的独立。

苏加诺和他的支持者在1945和1950年的宪法中，试图建立一个内阁制的民主政府，但是印尼遭受了极端贫困，极权统治，宗教差异和对爪哇人的支配的恐惧，于是苏加诺提出了“指导下民主”的政策。1959年7月，苏加诺废除了1950年的宪法，解散了议会，实行了独裁统治。

1967年，苏哈托领导军方发起了军事政变，解除了苏加诺的职务，自己做了印尼总统，也是实质上的独裁者，统治了31年。期间，他镇压异见，稳定经济与外交政策，安然度过了冷战时代。由于不断严重的腐败和民权状况的恶化，97年的亚洲金融危机成为压弯他的统治的最后一根稻草。尽管他受到美国430亿资金的支持，同意进行彻底的改革，但是一个最初由学生发起的运动愈演愈烈，最终让苏哈托在1998年5月被迫辞职。1999年，重新组织的国民议会选举被认为拥有民主改革思想的瓦希德为总统，以期他领导印尼前进。

1883年，位于巽他海峡的喀拉喀托火山喷发，引发的海啸使约3.6万到12万人死于非命。最后一次爆发的声音甚至传到了3000英里以外，也是有记载以来人类所听到的最响的声音。

印尼有香料群岛的美誉，现今它出产了世界上75%的豆蔻核仁和肉豆蔻皮，也是黑胡椒、肉桂皮（印尼肉桂）、丁香、胡荽和香草的主要产地。受荷兰人统治的影响和实际需求，印尼也是最大的咖啡、可可、茶叶和蔗糖的出口国之一。